С помощью программы MoleBox приложение и все его файлы данных (*.dll, *.dat и пр.) можно упаковать в один exe-файл. Для обеспечения надежной защиты, в утилите предусмотрена опция шифрования исходного кода. Кроме этого, доступ к запускаемому приложению может быть ограничен при помощи пароля, который пользователь указывает в настройках проекта перед помещением файлов приложения в единый исполнительный файл.  

Распаковка и дешифрование файла, сделанного при помощи MoleBox, происходят автоматически и незаметно для приложения, таким образом, что упакованное приложение работает в точности как оригинальное, защищая файлы данных от просмотра и редактирования.